Sản lượng cà phê sụt giảm do những lý do về biến động thất thường của thời tiết. Tại khu vực Tây Nguyên, ngay từ giai đoạn cuối niên vụ cà phê 2011/12, nông dân trồng cà phê đang tập trung thu hoạch quả thì gặp cơn mưa đầu mùa đến sớm khiến cây cà phê đơm hoa sớm. Đợt hoa này hầu hết đều rụng, không có khả năng đậu quả; đồng thời còn làm cho cây cà phê suy yếu, kiệt sức nên số lượng hoa ra không tập trung. Hoa ra nhiều đợt, quả nhỏ, chùm thưa. Ngay cả tại các vườn cà phê trồng theo mô hình cà phê sạch, bền vững cũng trong tình trạng quả nhỏ, ít chùm hơn vụ năm ngoái nhiều.

Thời điểm đầu vụ đang là mùa mưa, độ ẩm cao … đã tạo điều kiện cho mầm sâu bệnh phát sinh phát triển, gây hại cho cây cà phê. Theo thống kê, nhiều diện tích cà phê trong vùng đang phải đối mặt với bệnh rệp sáp hại hoa, quả non (chiếm tỷ lệ từ 8 – 25%) và bệnh rỉ sắt, khô cành … gây hại trên diện rộng.

Tháng 7 và tháng 8 năm 2012 thời kỳ quả đang phát triển lại gặp hạn hán nặng kéo dài không đủ nước tưới nên cũng ảnh hưởng đến sự phát triển của quả cà phê.

Sản lượng cà phê niên vụ 2012/13 cũng tiếp tục bị ảnh hưởng do cây cà phê đã già cỗi, tuổi đời trên 20 năm, chiếm trên 30% tổng diện tích sản xuất. Một số diện tích đã quá già cho năng suất thấp (dưới 1 tấn/ha), hạt nhỏ, hiệu quả kinh tế thấp.

Bên cạnh đó, chi phí xăng dầu, phân bón, thuốc trừ sâu, giá nhân công đều tăng đẩy giá thành cà phê lên cao. Niên vụ 2012/13 sẽ là niên vụ khó khăn cho người trồng cà phê Việt Nam, khi sản lượng giảm tới trên 30% và giá cả không ổn định.